O sucesso de um programa de monitoramento de qualidade da água depende  do seu bom planejamento, e para isso cumprir as seguintes etapas é um requisito fundamental:

1 – Determinação dos objetivos do monitoramento;

2 – Seleção das variáveis (parâmetros) e locais de amostragem;

3 – Determinação do número, frequência e duração da amostragem (segundo o objetivo a ser atingido);

4 – Escolha dos métodos analíticos mais adequado (segundo cada parâmetro);

5 – Determinação das técnicas de coleta e preservação das amostras (segundo os parâmetros escolhidos);

6 – Reavaliação periódica da metodologia e interpretação dos dados.

7 – Elaboração de relatórios para subsídio as decisões quanto ao gerenciamento do corpo hídrico de forma a melhorar e/ou manter a qualidade da água.

Por definição uma amostra deve representar a síntese do universo estudado, assim a coleta de amostras é uma atividade que exige critérios técnicos e conhecimento científico.

A amostragem da água é realizada para avaliar a qualidade da água por meio de análises laboratoriais.

O planejamento da amostragem inclui:
 Definir parâmetros a serem analisados;
 Definir metodologia de coleta;
 Definir número e tipo de amostra a ser coletada (amostra simples ou composta);
 Definir pontos de amostragem;
 Verificar tipos de frascos a serem utilizados e necessidade ou não de preservação e prazo para análise (depende de cada parâmetro a ser amostrado);
 Modo de transporte;
 Verificar equipamentos necessários (frascos, corda, isopor, termômetro, luvas, balde, etc).

É muito comum a necessidade de quantificar a vazão do corpo d’água, pois a carga de poluentes que um corpo d’água transporta é medida pela multiplicação da vazão pela concentração da substância poluente na água. Para medir a vazão de rios e córregos grandes é necessário contratar um técnico em hidrometria. Mas no caso de fontes pontuais, como o efluente de uma tubulação, ou pequenos córregos, métodos simples podem ser utilizados

O primeiro passo do planejamento de uma amostragem é definir os parâmetros a serem analisados, visando caracterizar a qualidade da água.